Commission Européenne (CE) : La Commission est l’organe central de décision pour l’Initiative AIU, et sa mission générale est d’assurer la qualité et l’efficacité de la mise en œuvre de l’Initiative. Les projets AIU sélectionnés sont approuvés par la Commission Européenne, après la phase d’évaluation et de recommandations par un Panel d’Experts Externes et le Secrétariat Permanent.
Entité Mandatée (EM): L’Entité Mandatée est l’organe formellement responsable de la gestion de l’Initiative au nom de la Commission, en vertu de l’Article 1 de l’Acte Délégué, relatif aux Actions Innovatrices dans le domaine du développement urbain durable, soutenues par le FEDER. C’est à l’Entité Mandatée qu’il revient de signer les contrats de subvention avec les projets sélectionnés au nom d’AIU. L’Entité Mandatée d’AIU est la Région Hauts-de-France (France).
Secrétariat Permanent (SP) : le SP est en charge de l’administration quotidienne d’AIU. Il travaille en lien direct avec les bénéficiaires potentiels et les représentants des projets, en fournissant les informations relatives aux opportunités de financement et un soutien aux bénéficiaires potentiels, en évaluant les candidatures, et en suivant les projets approuvés... Les membres de l’équipe proviennent de toute l’Europe et sont basés à Lille.
Autorité de Certification (AC) : L’Autorité de Certification est l’organe en charge de la mise en place et la soumission des dépenses AIU certifiées à la Commission ; l’AC organise également les paiements FEDER pour les projets approuvés. Pour UIA, l’AC est la Province Flandre Orientale (Belgique).
Auditeur Externe : Un auditeur externe est responsable des audits de système et des audits de projets. Dans le cas d'UIA, Ernst & Young assure cette mission d'audit externe.